Kościół parafialny pw. św. Małgorzaty w Zegrzu powstał zapewne w XII w. Już w 1367 r. tutejszy proboszcz pobierał dziesięciny z Mokotowa, Młocin i Wawrzyszewa (teren dzisiejszej Warszawy); być może otrzymał je któryś z jego poprzedników (zapewne pracownik kancelarii książęcej) od księcia Konrada albo Bolesława II (1280-1313). Jeszcze w XVI w. wikariusze zegrzyńscy otrzymywali dziesięciny ze wsi Zerzeń. Mikołaj Kiełpiński, proboszcz w Zegrzu, zbudował ok. 1580 r. murowany kościół, konsekrowany potem przez biskupa płockiego Wojciecha Baranowskiego. Świątynia ta, posiadająca pięć ołtarzy, uległa częściowej rozbiórce ok. 1756 r. Fundatorami nowego kościoła byli kasztelan zakroczymski Antoni Krasiński i jego żona, Barbara z Zielińskich. Kościół pw. św. św. Antoniego i Barbary konsekrował 15 września 1758 r. biskup sufragan płocki Marcin Załuski herbu Junosza. Znajdowało się w nim również pięć ołtarzy: Matki Bożej Łaskawej (główny), św. Jana Kantego, św. Antoniego, św. Apolonii oraz św. Judy Tadeusza. W 1781 r. za szczytem nowego kościoła stała część starego, z murowanymi ścianami bocznymi i drewnianymi szczytowymi; wewnątrz były trzy ołtarze. Świątynię tę odkupili Rosjanie w 1895 r. za sumę 54 tys. rubli i zamienili ją na cerkiew garnizonową, ponieważ znajdowała się na terenie twierdzy. W 1914 r. cerkiew została uszkodzona i opuszczona. Po 1918 r. przekazano ją Wojsku Polskiemu i zaadaptowano na kościół katolicki według projektu Edgara Norwertha. W 1944 r. kościół został uszkodzony pociskami artylerii, rozpoczęła się jego dalsza dewastacja. Ostatecznie został wysadzony w powietrze przez saperów Ludowego Wojska Polskiego w 1987 r. 25 maja 1992 r. na ruinach kościoła garnizonowego biskup pomocniczy Roman Adam Marcinkowski poświęcił krzyż w intencji odbudowy świątyni. W 1993 r. erygowano parafię wojskową pw. św. Gabriela Archanioła, w 1999 r. wmurowano kamień węgielny pod budowę kościoła pw. Matki Boskiej Fatimskiej, który został konsekrowany 29 maja 2007 r. przez biskupa polowego Wojska Polskiego gen. Dyw. Tadeusza Płoskiego, który ustanowił go świątynią wszystkich żołnierzy i pracowników Wojsk Łączności i Informatyki Wojska Polskiego.
W końcu XIX w. książę Maciej Radziwiłł musiał sprzedać władzom carskim część majątku w Zegrzu wraz z tamtejszym kościołem parafialnym. Za pozyskane fundusze wybudował istniejący do dziś kościół w Woli Kiełpińskiej. Został on wzniesiony staraniem ks. Mariana Kowalskiego w latach 1895-1899 według projektu Konstantego Wojciechowskiego. Konsekrował go arcybiskup metropolita warszawski Wincenty Teofil Chościak Popiel 30 lipca 1899 r. W czasie II wojny światowej wnętrze zostało zdewastowane. Nienaruszona przetrwała stojąca przed kościołem figura Matki Bożej Niepokalanej z 1904 r. Odbudowaną po zniszczeniach świątynię poświęcił w dniach 10-11 maja 1948 r. biskup płocki Tadeusz Paweł Zakrzewski. W 1964 r. wykonano polichromię wnętrza, zaś w 1979 r. Czesław Kruszewski z Warszawy zbudował siedemnastogłosowe organy. W ołtarzu głównym z 1895 r. zachował się obraz Wniebowzięcia NMP F. Szoldatisa, namalowany w Rzymie w 1899 r. Ołtarze boczne neobarokowe z końca XIX w. z obrazem św. Judy Tadeusza oraz Serca Jezusowego z obrazem autorstwa Adolfa Hermana Duszka z 1950 r. Na ścianach znajdują dawne obrazy ołtarzowe tego autora, wykonane na blasze w 1920 r.: Opłakiwanie pod krzyżem i Uzdrowienie chorych.
W kościele zachowały się liczne epitafia nagrobne Krasińskich, Ossolińskich i Radziwiłłów, przeniesionego z kościoła w Zegrzu. Stacje Drogi krzyżowej wykonano w pracowni J. Szpetkowskiego w Warszawie. W 2000 r. został pobudowany nowy dom parafialny. Staraniem ks. Andrzeja Marchlewskiego i parafian podjęto generalny remont kościoła na zewnątrz i w środku, uporządkowano także jego otoczenie i teren wokół plebanii.
Proboszcz
Wikariusz
Emeryt