Współczesna parafia Wojnówka jest związana z istniejącą niegdyś parafią Podkrajewo z początku XV w. Kościół wzmiankowany był w 1437 r. pw. św. Anny. Na nowo został wystawiony w 1597 r. kosztem wojewodziny płockiej Zielińskiej. W 1598 r. do parafii należały wsie: Podkrajewo Wielkie, Podkrajewo Kościelne, Podkrajewo Wojnowe, Korboniec, Łazy, Borowe, Lewiczyn, Łomia, Modła.
Zniszczony w czasie potopu szwedzkiego w XVII w., kościół został odbudowany w połowie XVIII w. w Podkrajewie Wojnowym przez Jana Żórawskiego, miecznika zawkrzeńskiego i właściciela miejscowości. W kolejnych latach odnawiany z funduszy Władysława Żórawskiego, podkomorzego płockiego, i Wojciecha, miecznika lwowskiego.
Kościół wraz z beneficjum 8 lutego 1754 r. został afiliowany do parafii mławskiej przez biskupa płockiego Józefa Eustachego Szembeka i obsługiwany był przez tamtejsze duchowieństwo. Świątynia przetrwała do początku XX w. W 1819 r. notowano pięciogłosowy pozytyw szkatulny.
Obecny kościół murowany wzniesiono w latach 1904-1914 za pieniądze otrzymane od wojsk carskich w zamian za zniszczone zbiory po manewrach kozackich. Dziedzic Podkrajewa Goszczycki oraz gospodarze utworzyli Komitet Budowy, który postanowił nie dzielić pieniędzy, ale przeznaczyć je na świątynię. Jest to budowla neogotycka, z cegły palonej, oszkarpowana, prostokątna, z węższym prezbiterium zamkniętym trójbocznie. Od frontu wystawiono wtopioną częściową w ścianę wieżę, strop płaski, okna ostrołukowe. W neogotyckim ołtarzu głównym obraz św. Anny nauczającej Maryję, ofiarowany w 1911 r. przez Wincentego Arendta, wójta z Podkrajewa. Na cmentarzu kościelnym stara kropielnica oraz dwa kamienie młyńskie. W XIX w. istniała jeszcze chrzcielnica z poprzedniej świątyni jako znak praw parafialnych. W wyposażeniu: nowa chrzcielnica z drewna jesionowego z 1972 r., obraz Niepokalanego Poczęcia, krzyż ze starą figurą Ukrzyżowanego Chrystusa, figury świętych Apostołów Piotra i Pawła, organy elektroniczne, na wieży kościoła dwa dzwony o wadze 30 i 60 kg.
Od 1967 r. biskup płocki Bogdan Marian Sikorski w Wojnówce samodzielny ośrodek duszpasterski. Początkowo władze komunistyczne nie zgadzały się na utworzenie nowej parafii. Samodzielną parafię pw. św. Stanisława Kostki w Wojnówce przy istniejącym kościele pw. św. Anny, kontynuującą tradycje nieistniejącej parafii Podkrajewo, erygował dekretem z dn. 23 stycznia 1979 r. biskup płocki Bogdan Marian Sikorski (dekret wszedł w życie dn. 2 lutego 1979 r.). Powstała ona w całości z wiosek: Korboniec, Podkrajewo, Wiśniewko i Wojnówka, wydzielonych z parafii macierzystej pw. św. Stanisława BM w Mławie. W ośrodku od 1967 r. duszpasterzował ks. Jan Maćkiewicz, który od 1979 r. został mianowany pierwszym proboszczem parafii. Wraz z wiernymi włożył wiele trudu w organizację struktury materialnej i duszpasterskiej nowej wspólnoty, podjął także konieczne remonty przy kościele, cmentarzu i zakupionym w 1969 r. budynku, który adaptował na potrzeby plebanii. Na cmentarzu przykościelnym ustawiono w 1967 r. krzyż misyjny, zaś w 1977 r. figurę Matki Bożej. W latach 1981-1982 staraniem ks. Jana Maćkiewicza i parafian sprzedano starą plebanię i pobudowano nową z salą katechetyczną. W latach 1986-1988 wybudowano dom katechetyczny w Podkrajewie i powiększono cmentarz parafialny. Dekretem z dn. 28 czerwca 2011 r. biskup płocki Piotr Libera zezwolił na przechowywanie Najświętszego Sakramentu w kaplicy w Podkrajewie.
Z inicjatywy ks. Krzysztofa Muzala w latach 2002-2005 zakupiono nowe meble do zakrystii, położono granitową posadzkę w nawie i marmurową w prezbiterium i nowy dach na obu zakrystiach, wymieniono okna i drzwi, zakupiono nowe ławki i konfesjonały. Staraniem ks. ks. Wojciecha Filipowicza i parafian m.in. odremontowano kaplicę w Podkrajewie i ogrodzenie cmentarza przykościelnego w Wojnówce.
Proboszcz