Pierwsze wzmianki w źródłach o istnieniu parafii pochodzą z XIII w. Pierwsza kościół został wybudowany w II połowie XIV w., zaś pierwsza wzmianka o świątyni pochodzi z 1380 r. Wzmiankowany w 1507 r. kościół pw. św. Jakuba był obszerny, drewnianym konsekrowany, z dwiema bocznymi kaplicami i pięcioma ołtarzami. W głównym ołtarzu znajdowały się figury Matki Bożej i Apostołów, w pobliżu był zaś ołtarz boczny ku czci św. Stanisława. W kaplicy był ołtarz ku czci św. Anny, zaś w drugiej dwa ołtarze: św. Mikołaja i Matki Bożej. W 1750 r. kasztelan sierpecki Walerian Wessel, właściciel Uniecka, wystawił nowy kościół drewniany z dwiema wieżami na frontonie, w którym umieszczono trzy ołtarze: główny, ku czci Matki Bożej, przeniesiony z poprzedniego kościoła, z obrazem Maryi słynącym łaskami od 1688 r. Kościół z wyposażeniem spłonął w 1806 r. Przez kolejne lata korzystano z prowizorycznej kaplicy, remontowanej w 1840 r., jednak w 1853 r. wichura wywróciła budynek. Na jego miejscu ponownie wzniesiono kaplicę.
Obecny kościół został zbudowany w 1871 r. staraniem ks. Ludwika Pajęckiego, a konsekrował go biskup sufragan płocki Henryk Piotr Kossowski herbu Dołęga 5 września 1886 r. Jest to budowla drewniana, jednonawowa, zbudowana w stylu klasycystycznym. W ołtarzu głównym obraz św. Jakuba Starszego autorstwa Kazimierza Łapczyńskiego (po 1870 r.) oraz obraz Matki Boskiej Częstochowskiej. W ołtarzach bocznych współczesne obrazy św. Jana Pawła II i św. Faustyny Kowalskiej. Na ścianach obrazy barokowe z XVIII w., odnowione w 1962 r., przedstawiające: Komunię św. Onufrego oraz Złożenie do grobu. Kropielnica granitowa z 1869 r. Rzeźba Madonny Unieckiej z początku XV w. w depozycie w Muzeum Diecezjalnym w Płocku. W 1879 r. zainstalowano dziewięciogłosowe organy o trakturze mechanicznej z warsztatu Wacława Przybyłowicza z Warszawy, które zmodyfikował w 1909 r. Władysław Koźmiński.
Świątynia uległa niewielkim zniszczeniom w 1945 i 1950, natomiast w latach 1989-1993 staraniem ks. Tadeusza Zająca i parafian została generalnie remontowana.
W czasie II wojny światowej ks. Józef Szulecki, wikariusz z Uniecka, został aresztowany przez Niemców 7 kwietnia 1940 r. i więziony najpierw w Działdowie, a potem w obozie koncentracyjnym w Dachau.
W ostatnich latach z inicjatywy ks. Wojciecha Iwanowskiego i parafian wykonano remont dachu, więźby i sufitu oraz wieży kościoła (2013-2014 r.), sprawiono nowe obrazy św. Jana Pawła II i św. Faustyny Kowalskiej w ołtarzach bocznych (2015-2016 r.), odnowiono obrazy w ołtarzu głównym i system zasłaniania (2017 r.), postawiono figurę bł. ks. Jerzego Popiełuszki przed świątynią (2018 r.).
Proboszcz