Pułtusk był 26 założonym na terenach Rzeczypospolitej konwentem reformatów, których sprowadzili do diecezji Wojciech (Albrycht) Wessel oraz biskup sufragan płocki Wojciech Tolibowski herbu Nałęcz. Pozwolenie na założenie nowej fundacji w Pułtusku wydał 27 sierpnia 1648 r. biskup płocki Karol Ferdynand Waza, zaś 23 września 1648 r. podpisał dokument erekcyjny. Biskup Tolibowski już 8 października 1648 r. poświęcił kamień węgielny pod budowę świątyni i klasztoru. Fundamenty założono w 1652 r., zaś budowa przeciągała się po śmierci fundatora; podjęto ją dopiero w 4 ćw. XVII w. Na początku XVIII w. w klasztorze mieszkało 30 zakonników. W 1803 r. władze pruskie zamieniły klasztor na więzienie. W 1807 r. zakonnicy powrócili, odnawiając świątyni w 1825 r. W 1864 r. skasowano zgromadzenie, a kościół zamieniono na filialny parafii kolegiackiej. Remont podjęto w 1885 r. po zniszczeniach od uderzenia pioruna. W 1906 r. ks. Tomasz Trzemżalski zlecił Władysławowi Drapiewskiemu wykonanie prac malarskich w świątyni, o których niewiele wiadomo. W czasie II wojny światowej Niemcy zajęli kościół na skład amunicji. W czasie ostrzału artylerii w 1944 i 1945 kościół znacznie uszkodzono. Prace renowacyjne podjęto staraniem rektora, ks. Kazimierza Bruzdewicza już w latach 1945-1946, kontynuowano je w 1950 r.
Biskup płocki Bogdan Sikorski dekretem z dn. 28 października 1982 r. od dn. 7 listopada tegoż roku wydzielono nową parafię pw. św. Józefa z macierzystej parafii św. Mateusza. W granicach parafii znalazła się kaplica w Grabówcu z 1830 r. oraz kościół filialny w Kacicach. Od tego czasu staraniem kolejnych proboszczów i parafian podjęto liczne remonty kościoła i klasztoru: wybudowano nowy mur otaczający cmentarz przykościelny, naprawiono posadzkę w świątyni, wyremontowano plebanię oraz elewację świątyni. 11 października 1998 r. biskup płocki Zygmunt Kamiński przewodniczył uroczystości 350-lecia wmurowania kamienia węgielnego pod budowę klasztoru. Do 1991 r. w budynkach klasztornych mieściło się więzienie. W 2011 r. nastąpiła zmiana granic parafii w związku z erygowaniem parafii pw. św. Jana Pawła II w Pułtusku.
Ołtarz główny poświęcony jest patronowi świątyni, św. Józefowi; obraz z połowy XVII w.; w niszach rzeźby: św. Kazimierza i św. Bartłomieja. Ołtarze boczne ku czci: Serca Jezusowego, św. Antoniego Padewskiego, św. Piotra z Alkantary, Ukrzyżowania Chrystusa. W kaplicy Matki Bożej Niepokalanie Poczętej ołtarz z obrazem Niepokalanej z 2 ćw. XVIII w. oraz św. Kazimierza w nastawie. Na chórze muzycznym ok. 1820 r. stanął 9-głosowy pozytyw, przebudowany w 1862 r. przez Stanisława Przybyłowicza.
W 1565 r. biskup płocki Andrzej Noskowski przekazał wieś Kacice (zwaną także Kaczyce) na uposażenie pułtuskiego kolegium jezuitów, w których rękach jako letnia posiadłość dla profesorów pozostawała aż do kasaty w 1773 r. W latach 1698-1699 wzniesiono w niej, w miejsce murowanego z 1606 r., obecny kościół, konsekrowany 13 listopada 1699 r. pw. Przemienienia Pańskiego i bł. Stanisława Kostki przez biskupa sufragana płockiego Marcina Załuskiego herbu Junosza. Była to pierwsza świątynia w Rzeczypospolitej dedykowana Świętemu z Rostkowa. Wizerunek z ołtarza, ze srebrną sukienką, uważany za słynący łaskami, znajdował się następnie w kaplicy szpitala pułtuskiego, a od 2017 r., odnowiony w 2018 r., jest własnością Muzeum Diecezjalnego w Płocku. Ołtarz z 1699 r. barokowy, w polu głównym kopia Przemienienia Pańskiego według Rafaela; ołtarz boczny barokowo-klasycystyczny z obrazem Matki Boskiej Częstochowskiej. Ambona barokowa z ok. 1699 r.
Proboszcz
Wikariusz
Emeryt