Po raz pierwszy wieś Pniewo została wymieniona ok. 1230 r. w dokumencie Konrada Mazowieckiego, potwierdzającym uposażenie biskupstwa płockiego. Wśród innych miejscowości zostały tam wymienione również wioski: Komorowo, Gładczyn oraz Drwały. W 1387 r. Pniewo i niektóre okoliczne wsie wymieniono jako należące do parafii Wyszków. Ok. 1778 r. była własnością Stanisława Wessla, starosty golubskiego.
Parafię pw. św. Piotra i Pawła oraz św. Szymona, Judy i Jana Chrzciciela w Pniewie dnia 6 lutego 1402 r. erygował biskup płocki Jakub z Korzkwi, który także uzyskał dla tutejszego kościoła w 1418 r. odpusty papieskie. Pierwotnie granice parafii sięgały od podwyszkowskich do podpułtuskich wsi. Do parafii pniewskiej należała m.in. do 1443 r. wieś Zatory. Pierwszy kościół parafialny był pod wezwaniem Najświętszej Marii Panny oraz św. Szymona Judy i Jana Chrzciciela. Z dokumentów wizytacyjnych z 1609 r. wynika, że kościół pw. św. Jana Chrzciciela był drewniany, konsekrowany, malowany i posiadał trzy ołtarze. Świątynia została spalona przez Szwedów w 1656 r. Staraniem biskupa płockiego Andrzeja Chryzostoma Załuskiego herbu Junosza w 1695 r. został wybudowany i konsekrowany kolejny drewniany kościół. Niestety kościół ten spłonął z całym wyposażeniem w Wielką Sobotę w 1769 r. W 1771 r., z fundacji biskupa Hieronima Antoniego Szeptyckiego herbu Szeptycki, został wzniesiony kolejny trzynawowy kościół drewniany, z dwoma wieżami, kryty gontem. W ołtarzu głównym znajdował się obraz św. Apostołów św. Piotra i Pawła, w ołtarzach bocznych obraz Matki Bożej Różańcowej i obraz św. Antoniego. Podczas nabożeństw grał organista na małych organach o dwóch miechach. Obok kościoła znajdowała się drewniana dzwonnica pokryta gontem. Teren wokół świątyni otoczony był kamiennym parkanem. Na skutek silnej wichury kościół został poważnie uszkodzony i w 1872 r. wyremontowany, dodano wówczas dwie nawy boczne. Kolejny remont podjęto w 1901 r. W czasie I wojny światowej wycofujące się wojska rosyjskie spaliły wszystkie budynki kościelne i świątynię parafialną.
Obecny murowany, neogotycki kościół według projektu architekta Józefa Piusa Dziekońskiego, wybudowano w latach 1912-1928, staraniem kolejnych proboszczów: ks. Jana Krzyżewskiego i ks. Konstantego Lewandowskiego. Konsekracji świątyni pw. św. Apostołów Piotra i Pawła dokonał 26 sierpnia 1929 r. biskup sufragan płocki Leon Wetmański.
W czasie okupacji w pobliżu wsi, wzdłuż rzeczki Prut, przebiegała granica między Rzeszą a Generalną Gubernią. Podczas okupacji na terenie parafii Pniewo działało kilka organizacji zbrojnych. W ramach procesu scalania powstał odział Armii Krajowej. 18 maja 1944 r. podczas obławy zorganizowanej przez Niemców doszło do aresztowania ponad 70 osób. Wielu z nich zginęło z rąk okupanta. W 1942 r. Niemcy aresztowali ks. proboszcza Konstantego Lewandowskiego, więzili na Pawiaku w Warszawie, a następnie wywieźli do obozu koncentracyjnego w Auschwitz-Birkenau, gdzie zmarł 21 lipca 1943 r.
Kościół został uszkodzony w 1945 r., a następnie odbudowany do 1967 r. w stylu neogotyckim z elementami baroku. Jest to budowla murowana cegły i obrobionych ciosów granitu, nietynkowana, trójnawowa, halowa, nawy wydzielone ostrołukowymi arkadami kolumnowymi. Sklepienia bez żeber, gwiaździste. Ołtarz, ambona, konfesjonał, ławki i stalle neogotyckie z 2 ćw. XX w. Na początku lat 70. XX w. polichromię z elementami folkloru kurpiowskiego wykonał artysta Ignacy Napiecek. Na łukach sklepienia umieszczono zielki i kółeczka zaczerpnięte z kurpiowskich kilimów i chodników; zastosowano tu 64 wzory, które zebrano w regionie Puszczy Białej. W 1874 r. Stanisław Przybyłowicz wystawił organy, które zostały zniszczone w czasie I wojny światowej.
W 1975 r. firma Kamińskich z Warszawy wykonała i zainstalowała w kościele 25-głosowe organy. W latach 1984-1998 staraniem ks. Stefana Siemiątkowskiego i parafian dach świątyni pokryto blachą miedzianą. W ostatnich latach z inicjatywy ks. Adama Staniszewskiego i przy wsparciu parafian zmieniono wystrój prezbiterium, wykonano nowy ołtarz, stalle, zakupiono ławki do naw bocznych, położono chodnik procesyjny wokół świątyni i na cmentarzu, położono blachę miedzianą na wieżach kościoła oraz zbudowano parking przed świątynią. Staraniem ks. Stanisława Mariańskiego i parafian wykonano prace związane z ogrzewaniem plebanii, pobudowano garaże, ogrodzono część podwórka, wyłożono kostkę, wyremontowano parkan wokół świątyni, zaś w 2019 r. zostały wykonane nowe drewniane żaluzje w oknach na wieżach. W parafii istnieje ponad 40 kół różańcowych.
Proboszcz
Wikariusz