Ks. Ignacy Lasocki zakupił w 1907 r. część gruntów dawnego folwarku pobenedyktyńskiego z istniejącą tam stajnią koszarową, którą w 1913 r. przebudował na kaplicę, którą poświęcił biskup płocki Antoni Julian Nowowiejskie 14 listopada 1913 r., zaś pierwszą Mszę św. odprawił arcybiskup metropolita warszawski Aleksander Kakowski. W wielkim ołtarzu umieszczona została statua Najświętszej Maryi Panny Niepokalanie Poczętej dłuta Bolesława Syrewicza. Przy wejściu do sanktuarium stały figury św. Stanisława i św. Kazimierza. Ks. Lasocki umieścił przy niej zakład wychowawczy dla dzieci, których rodzice zginęli podczas I wojny światowej, nazwany „Stanisławówką”. Przekształcono go następnie w zakład wychowawczy i szkołę dla chłopców. Opiekę nad nim powierzono księżom salezjanom w 1929 r., którzy – z przerwą wojenną – prowadzili szkołę zawodową i powstałe w 1947 r. przedszkole parafialne aż do 1952 r., kiedy instytucje te zostały przejęte przez władze komunistyczne.
Nową parafię pw. św. Stanisława Kostki, drugą po parafii farnej w Płocku, erygował 13 listopada 1930 r. biskup płocki Antoni Julian Nowowiejski. Została powierzona księżom salezjanom, którzy na teren diecezji płockiej przybyli w 1923 r. i dekretem arcybiskupa otrzymali klasztor i romańską bazylikę w Czerwińsku. W latach 1929-1939 kaplica św. Stanisława była także kościołem garnizonowym dla jednostek Wojska Polskiego stacjonujących w Płocku.
W czasie II wojny światowej zakład i kaplica zostały zamknięte przez Niemców. W lutym 1941 r. gestapo aresztowało proboszcza ks. Stefana Pływaczyka oraz księży Tadeusza Kaliszka, Jana Kurdziela, Emila Łuczeczko, Wojciecha Pływaczyka i Stanisława Stępowskiego – wszyscy oni zostali zamordowani w obozie w Działdowie.
Dn. 27 stycznia 1977 r. biskup płocki Bogdan Marian Sikorski na stałe przekazał parafię księżom salezjanom, którzy jednocześnie rozpoczęli pozwolenie na budowę nowego kościoła. W 1980 r. wmurowano kamień węgielny pod nową świątynię i rozpoczęto również budowę domu parafialnego. Kościół św. Stanisława w latach osiemdziesiątych był kolebką „Solidarności”. Salezjanie organizowali Msze św. za Ojczyznę, spotkania modlitewno-patriotyczne, wykłady z historii Polski. Dn. 18 września 1983 r. biskup płocki Bogdan marian Sikorski dokonał konsekracji dolnego kościoła, a 15 maja 1988 r. konsekracji górnego kościoła dopełnił biskup płocki Zygmunt Kamiński, w 100. rocznicę śmierci św. Jana Bosko. W dolnym kościele na szczególną uwagę zasługują: przepiękna rzeźba Pana Jezusa na Krzyżu umieszczona przy ołtarzu w 1988 r. oraz pochodzące z rozebranej w 1993 r. kaplicy figury Matki Bożej i św. Stanisława Kostki. W świątyni znajdują się 15-głosowe organy o trakturze elektro-pneumatycznej z fabryki Dominika Biernackiego wybudowane w 1966 r., które po wybudowaniu nowego kościoła zostały do niego przeniesione w 1991 r. przez Andrzeja Kowalewskiego z Braniewa.
Nad wejściem głównym do kościoła umieszczony został Krzyż Betlejemski (symbol działalności misyjnej Kościoła), poniżej zaś mozaika przedstawiająca Matkę Bożą Wspomożycielkę Wiernych w otoczeniu św. Jana Bosko i św. Stanisława Kostki. Pomiędzy drzwiami wejściowymi do świątyni znajduje się scena wyobrażająca ewangelicznego Dobrego Pasterza.
Proboszcz