Parafię pod wezwaniem św. Józefa Rzemieślnika w Płocku erygował dekretem z dn. 20 maja 1982 r. biskup płocki Bogdan Marian Sikorski; dekret wszedł w życie dn. 30 maja 1982 r. Została ona wydzielona z płockich parafii macierzystych: św. Stanisława Kostki i św. Maksymiliana Kolbego. Znajduje się ona w pobliżu dawnego cmentarza cholerycznego, po którym nie ma już śladów (stąd zwyczajowa nazwa osiedla „Cholerka”). Dn. 12 czerwca 1982 r. parafię objął liturgicznie ks. Władysław Czesław Stradza, pierwszy proboszcz parafii, który poświęcił krzyż na placu przyszłej parafii.
W lipcu 1982 r. przystąpiono do budowy kaplicy wraz z pomieszczeniami lokalnymi. Poświęcenia kaplicy dokonał 29 listopada 1982 r. biskup płocki Bogdan Marian Sikorski.
11 czerwca 1995 r. biskup płocki Zygmunt Kamiński wmurował kamień węgielny pod budujący się od 1990 r. kościół. Kamieniem tym był fragment marmuru z bazyliki św. Piotra w Rzymie. Organizowaniem parafii i budową świątyni zajął się ks. Władysław Czesław Stradza. 30 września 2000 r. odbyła się konsekracja kościoła, której dokonał biskup płocki Stanisław Wojciech Wielgus w obecności arcybiskupa szczecińsko-kamieńskiego Zygmunta Kamińskiego. Biskup płocki Stanisław Wojciech Wielgus dekretem z dn. 23 sierpnia 2000 r. nadał świątyni tytuł Miłosierdzia Bożego. Projekt świątyni przygotowali: architekt Stanisław Pawlikowski i konstruktor Zdzisław Czerski. Budowę realizowały firmy z Płocka: Stanisława Oziembły, następnie Ireny i Sylwestra Węglewskich oraz inni wykonawcy. W czasie budowy świątyni jednocześnie realizowano budowę obszernego domu parafialnego.
Staraniem kolejnego proboszcza ks. Andrzeja Adama Smolenia i parafian wykonano prace remontowe w budynku parafialnym, malowanie wnętrza kościoła (2009 r.) oraz zakupiono nowe organy elektroniczne Johannus Ecclesia 35D (2011 r.), położono chodnik procesyjny (2014 r.) oraz nowy parking dla samochodów (2015 r.). W latach 2012-2016 zostały zamontowane w kościele witraże przedstawiające najważniejsze wydarzenia w historii zbawienia oraz uczynki miłosierdzia względem duszy i względem ciała, które 18 grudnia 2016 r. poświęcił biskup pomocniczy Mirosław Milewski.
W prezbiterium kościoła znajduje się obraz Jezusa Miłosiernego o wymiarach 2,2 m × 5 m namalowany w 1991 r. przez Elżbietę Plewę-Hoffman z Torunia z okazji pielgrzymki św. Jana Pawła II do Płocka w dn. 7-8 czerwca 1991 r. Znajdował się on w konstrukcji ołtarza w czasie Mszy św. z papieżem na Placu Celebry w Płocku.
Proboszcz
Wikariusz