Parafię erygował biskup płocki Wincenty Przerębski herbu Nowina 9 IX 1502 r. z fundacji braci Mikołaja i Tomasza Bartnickich, wydzielając jej teren z parafii Strzegowo i Żurominek. 21 maja 1505 r. Aleksander Jagiellończyk, na prośbę swego sekretarza Mikołaja, pozwolił założyć miasto we wsi Pokrytki, zmieniając jej nazwę na Międzyborze. Kościół erygowano pierwotnie pw. Świętej Trójcy, Niepokalanego Poczęcia NMP oraz świętych: Mikołaja, Hieronima, Marii Magdaleny i Katarzyny, lecz w tradycji przetrwało wezwanie św. Mikołaja; pod takim występuje drewniana, konsekrowana na przełomie XVI i XVII w. świątynia, którą wówczas ozdobiono piękną malaturą na ścianach i suficie. Kościół ten przetrwał do 1775 r., kiedy zbudowano nowy, na podmurówce, za czasów kolatora Jana Zielińskiego, generała wojsk koronnych, z fundacji miejscowego plebana. Przeniesiono do niego boczne ołtarze ze starej świątyni; istniał on przeszło sto lat.
Nowy, murowany, neogotycki kościół z wieżą wystawił ks. Jan Remigiusz Jankowski w latach 1885-1886. Konsekrował go 8 września 1886 r. biskup sufragan płocki Henryk Piotr Kossowski herbu Dołęga. 45-metrową wieżę zniszczono w 1915 r., odbudowano po wojnie, lecz ponownie została uszkodzona w 1939 r. W 1932 r. zakupiono siedmiogłosowe organy firmy A.A. Homan, St. Jezierski i S-ka z Warszawy, o jednym manuale i klawiaturze nożnej, remontowane w 2017 r. Ołtarz główny z drewna dębowego, w stylu neogotyckim, z obrazem Zdjęcia z krzyża i figurami Matki Bożej Niepokalanej i św. Józefa. W kaplicy ołtarz św. Mikołaja, w stylu neogotyckim, z figurą św. Mikołaja oraz po bokach z figurami: św. Walentego i św. Franciszka z Asyżu. Po drugiej stronie w kaplicy ołtarz Matki Bożej z obrazem Niepokalanej oraz z figurami: św. Stanisława Kostki i św. Antoniego Padewskiego. Trzeci ołtarz boczny ku czci Serca Pana Jezusa z figurą, znajduje się na przedłużeniu nawy bocznej. Chrzcielnica w formie kielicha; ambona z drewna sosnowego, w stylu gotyckim, ozdobiona figurami Apostołów.
W latach 1957-1959 została wykonana polichromia i wyremontowano organy. Kolejne remonty podjęto w czasach ks. Stanisława Gajewskiego, gdy sumptem parafian została zmieniona połać dachu na miedzianą, wyremontowano parkan i ułożono chodnik procesyjny. Spośród zabytków sztuki sakralnej na uwagę zasługują: kielich srebrny trybowany z 1676 r., relikwiarz srebrny trybowany z XVIII w., chrzcielnica klasycystyczna z I poł. XIX w. oraz krzyż adoracyjny z XVII w. Przed kościołem figura Matki Bożej Łaskawej z 1939 r. W latach 2004-2005 zmieniono poszycie dachu kościoła na blachę miedzianą.
Pierwsza wzmianka o Drogiszce pochodzi z 1413 r., gdy wieś okradali mieszkańcy Niborka. Według tradycji pod koniec XVI w. w lasach, na pograniczu parafii Niedzbórz i Żurominek, pewien młynarz, mieszkający przy kościele w Niedzborzu, miał mieć widzenie św. Franciszka, który wskazał mu miejsce, na którym później postawiono krzyż i figurę. W 1598 r. istniał już zwyczaj, że na uroczystości Świętego Krzyża i św. Franciszka przybywali tam ludzie z okolicznych parafii i modlili się pod krzyżem. Później zbudowano w tym miejscu kaplicę; istniała ona od 1635 r. Z informacji pochodzącej z 1739 r. wynika, że nabożeństwa odprawiał w niej wówczas proboszcz z Niedzborza. Kaplica w miejscowości noszącej nazwę Drogiszka istnieje do dzisiaj. Świątynię remontował ks. Henryk Lipka w 1933 r., w latach 1950-1953, w 1982 r. dobudowano wieżę, zaś kolejne prace prowadzono w latach 2008-2010. W 1998 r. ustawiono nowy krzyż. Między stacjami Drogi krzyżowej znajduje się źródełko wody. Niegdyś nazywany „kaplicą św. Rocha”, dziś kościół w Drogiszce określany jest jako sanktuarium Podwyższenia Krzyża Świętego. Drogę Krzyżową w lesie erygował w 1932 r. bł. abp Antoni Julian Nowowiejski.
W 1805 r. A. Bagiński wystawił obok dworu w Czarnocinie ośmiokątną murowaną, krytą dachówką, kaplicę pw. św. Józefa. W 1817 r. rezydował przy niej (podobnie jak w Drogiszce) kapelan. Kaplicę rozebrano w 1986 r. W latach 1987-1990 staraniem ks. Stanisława Gajewskiego i parafian wzniesiono nową, murowaną, krytą blachą, która nosi wezwanie Matki Bożej Częstochowskiej, jest w niej ołtarz i odprawiają się nabożeństwa. Konsekracji kaplicy dokonał biskup płocki Zygmunt Kamiński 16 września 1990 r. W 2020 r. ufundowano nowe ławki.
Proboszcz
Emeryt