Fundatorem kościoła w Malużynie był Piotr Grzywa, dziedzic Radzymina i Malużyna, wzmiankowany w latach 1411-1424; uposażył on probostwo ziemią w Malużynie i Niechodzinie. Parafię pw. św. św. Wojciecha i Hieronima erygował biskup płocki Jakub z Korzkwi ok. 1410 r. Ok. 1470 r. kościół wraz z dokumentem erekcyjnym spłonął, dlatego bp Ścibor, na prośbę bratanka fundatora, 21 listopada 1470 r. wystawił dokument potwierdzający pierwotne uposażenie. Możliwe, że wówczas powstało murowane prezbiterium, do którego dostawiono drewnianą nawę z dwiema bocznymi kaplicami. Murowana część pochodziła z fundacji rodziny Krobińskich, a drewniana – Bilińskich. W ołtarzu głównym znajdowała się rzeźba Matki Bożej; po bokach zaś postacie świętych Wojciecha i Hieronima. Inne ołtarze nie miały nastawy. Prawdopodobnie ok. 1640 r. przebudowano drewnianą część kościoła, rozbierając boczną kaplicę. Świątynię konsekrował 16 maja 1649 r. biskup pomocniczy Wojciech Tolibowski. W XVII w. w kościele znajdowały się trzy ołtarze: główny, św. Wojciecha, oraz boczne: Matki Bożej Różańcowej i św. Antoniego. W II poł. XVIII w. zbudowano dwa kolejne: św. Józefa i św. Stanisława. W 1853 r. zbudowano na kościele sygnaturkę, zaś w 1883 r. zostały wykonane ołtarze boczne z Chrystusem Ukrzyżowanym (rzeźba z XVII-XVIII w.) i Matką Boską Częstochowską oraz chrzcielnica. Na zasłonie barokowej rzeźby Ukrzyżowanego umieszczony jest obraz św. Huberta, zakupiony przez Zarząd Okręgowy Polskiego Związku Łowieckiego w Ciechanowie. Obecnie w ołtarzu głównym (z I połowy XVII w.) znajdują się obrazy: Zwiastowania Pańskiego i Chrystusa w Ogrójcu (II poł. XIX w.) oraz w górnej kondygnacji św. Wojciech wpływający do Prus. Sześciogłosowe organy wykonał w 1900 r. Jan Szymański z Warszawy, wyremontowano je w 2006 r. W tym samym roku w oknach założono witraże.
Na cmentarzu przykościelnym drewniana dzwonnica z 1655 r., konstrukcji słupowej, oszalowana, jedna z najstarszych na Mazowszu.
W ciągu wieków świątynia była wielokrotnie remontowana w latach: 1693, 1772, 1817, 1882, 1952. W czasie duszpasterzowania ks. Krzysztofa Kozłowskiego, w latach 2000-2010, miała miejsce kapitalna renowacja kościoła oraz obejścia i cmentarza przykościelnego.
W roku 2002 została oddana do użytku nowa plebania, wybudowana staraniem ks. Krzysztofa Kozłowskiego i parafian. Ponadto uporządkowano i częściowo ogrodzono cmentarz grzebalny, wykonano dwa wyasfaltowane parkingi przy kościele i jeden przy cmentarzu oraz wybudowano obszerny budynek gospodarczy.
Proboszcz