Wieś znana jest w 1435 r., początkowo zaliczana do Niździna, potem znana jako Maławieś. Gniazdo rodziny Małowieskich herbu Gozdawa. W XIX w. własność Nakwaskich, z którymi była spokrewniona Anna z Krajewskich, żona Franciszka Salezego Nakwaskiego, pisarka i pamiętnikarka (†1851).
Mała Wieś należała do parafii Orszymowo. Sprawę budowy kościoła podejmowano już w 1947 r., gdy proboszczem orszymowskim był ks. Jan Błaszczak. Po uzyskaniu pozwoleń władz komunistycznych, staraniem ks. Ksawerego Karola Ziemieckiego, 16 kwietnia 1980 r. rozpoczęto budowę świątyni według projektu architekta inż. Andrzeja Pawlikowskiego z Warszawy, pod kierunkiem majstra Henryka Nowackiego z Bożenia. Dn. 25 maja 1980 r. odbyła się uroczystość poświęcenia kamienia węgielnego, wyjętego z grobu św. Piotra i poświęconego przez św. Jana Pawła II. Kilka miesięcy później, 9 listopada 1980 r., biskup płocki Bogdan Marian Sikorski dokonał konsekracji kościoła. W następnych latach trwała jego rozbudowa. W tym czasie kościół był obsługiwany przez proboszcza z parafii Orszymowo. Obok kościoła w latach 1982-1983 została zbudowana wieża-dzwonnica o wysokości 16 m. Staraniem ks. Albina Łuczkowskiego zbudowano plebanię, zaś w czasie posługiwania ks. Marka Adama Zacieskiego zakupiono dzwon „św. Maksymilian”.
Dn. 1 stycznia 1985 r. biskup płocki Zygmunt Kamiński erygował parafię pw. św. Maksymiliana Kolbego w Malej Wsi. W 1992 r. został założony cmentarz parafialny.
Z inicjatywy ks. Grzegorza Nowomiejskiego i parafian w 2005 r. przebudowano front kościoła, na dachu świątyni wykonano nową więźbę i pokryto blachą miedzianą. W 2008 r. na dzwonnicy wykonano kopułę, i pokryto dzwonnicę blachą miedzianą. Staraniem ks. Edwarda Kuzaka i parafian podjęto kolejne remonty: na suficie namalowano obraz św. Jadwigi oraz ornamenty na filarach w świątyni (2011 r.); została położona kostka brukowa wokół kościoła, wykonano odwodnienie (2014 r.); postawiono na zewnątrz świątyni figury: św. Jana Pawła II i św. Maksymiliana (2015 r.), ufundowano dwa drewniane ołtarze boczne: ku czci Miłosierdzia Bożego i św. Maksymiliana Kolbego (2016 r.). W ołtarzu głównym obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem. Cały kościół został wytynkowany i pomalowany na zewnątrz w 2018 r.
Proboszcz