Parafia w Łysakowie powstała zapewne pod koniec XIV w. W 1599 r. znajdowała się tam drewniana, konsekrowana świątynia pw. św. Jakuba, posiadająca półokrągły, malowany sufit w prezbiterium i trzy ołtarze; w głównym znajdowały się obrazy: NMP, św. św. Jakuba i Michała oraz Świętej Trójcy. Boczne ołtarze były poświęcone św. św. Annie i Mikołajowi. Gruntownie remontowano kościół prawdopodobnie pod koniec XVII w. oraz w 1778 r. Ks. J. Waśniewski postawił wówczas nową zakrystię i kaplicę św. Anny.
Obecną, murowaną świątynię pw. św. Antoniego, wzniósł w r. 1881 ks. Bonifacy Kulasiński. Konsekrował ją 13 października 1885 r. biskup pomocniczy diecezji płockiej Henryk Piotr Kossowski. Wyposażenie kościoła, na które składają się: ołtarz główny z obrazem św. Antoniego i trzy boczne (Matki Bożej Różańcowej, św. Jakuba i św. Franciszka) pochodzi z końca XIX w. Dziesięciogłosowe organy wykonał w 1900 r. Jan Szrejbert z Włocławka.
Gruntowną restaurację świątyni podjął ks. Włodzimierz Kosiorek, proboszcz parafii w latach 1981-2001. On też wybudował nową plebanię i dzwonnicę, w której zostały zawieszone dwa nowe dzwony.
Na początku XXI w., gdy proboszczami parafii byli kolejno: ks. Marek Jędrzejewski i ks. Teofil Andrzej Kapuściński, została położona nowa posadzka z płyt granitowych oraz ustawiono nowe ławki dębowe w kościele i prezbiterium. Następnie przywrócono do użytku organy i pomalowano dach na łysakowskiej świątyni.
Proboszcz par. Zeńbok Administrator par. Łysakowo