Kościół w Łopacinie powstał zapewne w II poł. XIV w.; pierwsza wzmianka źródłowa o nim zachowała się z r. 1449 i dotyczyła prezenty na probostwo Macieja z Janowa, którego na to stanowisko przedstawił dziedzic Łopacina, Marcin. W rękach rodziny Łopackich miejscowość pozostała do II poł. XVIII w. Ok. 1500 r. najstarszy kościół zastąpiono nowym, który konsekrował biskup płocki Erazm Ciołek. Akta wizytacyjne z 1599 r. informują, że był to drewniany kościół pw. Dziesięciu Tysięcy Męczenników i św. Leonarda; to drugie wezwanie wymieniają dokumenty z XVIII w. W świątyni były wówczas trzy ołtarze: główny, poświęcony Najświętszej Maryi Pannie, oraz boczne: św. św. Anny i Mikołaja. Ok. 1650 r. wichura zniszczyła kościół; nowy (21,5 x 12 m) postawiono w kilka lat później w 1655 r. Istniał on do poł. XVIII w. Modrzewiową świątynię wzniósł w 1781 r. kolator K. Frankowski; przeniesiono do niej dawne ołtarze. Cztery nowe ołtarze zbudowano zapewne pod koniec XVIII w., przenosząc obrazy Matki Bożej; obraz NMP Szkaplerznej umieszczono w bocznej kaplicy pw. św. Mikołaja. W 1811 r. ks. Mateusz Krupiński wzniósł zachowaną do dziś drewnianą dzwonnicę.
17 stycznia 1945 r. Niemcy spalili kościół, zamieniony w styczniu tegoż roku na magazyn wojskowy. Ówczesny proboszcz, ks. Wincenty Jaźwiński, który doznał wielu upokorzeń i szykan ze strony niemieckich nazistów, zmarł wcześniej, 7 maja 1943 r.
Obraz Maryi z Dzieciątkiem, wzorowany na rzymskim Janua cœli, umieścił w głównym ołtarzu w 1635 r. ówczesny właściciel Łopacina, M. Łopacki. Już w I poł. XVII w. uważano go za słynący łaskami, chociaż pierwsze oficjalne stwierdzenie na ten temat zawiera dopiero wizytacja z 1763 r. Pod koniec XVIII w. sporządzono na tym obrazie srebrne sukienki ozdobione koronami. Najczęściej uczęszczanym odpustem była uroczystość Narodzenia Najświętszej Maryi Panny, na którą przybywały liczne pielgrzymki z sąsiednich parafii.
Po pożarze kościoła ks. Stefan Budczyński, administrator parafii Sońsk i Łopacin, wystawił drewnianą kaplicę, która poświęcił 20 maja 1945 r. ks. Jan Krawczyński.
Obecną, murowaną świątynię w latach 1947-1953 wzniósł z parafianami ks. Jan Krawczyński, według projektu architekta Brunona Zborowskiego. Konsekrował ją 25 października 1953 r. biskup płocki Tadeusz Paweł Zakrzewski. Polichromię według projektu Władysława Drapiewskiego wykonał w 1957 r. Henryk Domurat. W kościele są cztery ołtarze: w głównym znajduje się kopia odtworzonego po spaleniu obrazu Matki Bożej z Dzieciątkiem, wykonana przez Feliksa Koneckiego w 1946 r. Jest on zasłaniany obrazem św. Leonarda, patrona kościoła. Dwa boczne ołtarze poświęcone są św. św. Józefowi i Antoniemu. 9-głosowe organy o trakturze pneumatycznej wybudował Jerzy Kurecki, zostały poświęcone w 1967 r., ostatni raz remontował je Mirosław Prymek z Warszawy w 2001 r.
Na początku XXI w., staraniem kolejnych proboszczów parafii: ks. Romana Godlewskiego i ks. Ryszarda Berka, w latach 1996-2004 wybudowano nową plebanię, poświęconą 28 czerwca 2004 r., wymieniono drewnianą konstrukcję dachową świątyni i przykryto ją nową blachą tytanową. Następnie, w 2015 r., gruntownie oczyszczono polichromię kościoła, a w 2018 r. zbudowano prowadzące do niego granitowe schody i podjazd. Została wówczas odnowiona figura Matki Bożej z 1881 r.
W XVIII w., w lesie (3 km od kościoła) istniała kaplica, przy której mieszkał pustelnik. Z 1842 r. pochodzi informacja, że do kościoła przeniesiono z pustelni statuę Matki Bożej. Dziś w obrębie nowego ogrodzenia znajduje się ocembrowana studzienka i kapliczka z I połowy XIX w.
Proboszcz