Parafia powstała zapewne w XIV w. Pierwsze wzmianki na temat kościoła w Klukowie pojawiają się w 1416 i 1425 r. Pierwszy kościół był drewniany, pw. św. Stanisława biskupa, uległ zniszczeniu i odbudowano go w 1693 r. (lub 1663 r.). Konsekrowany był w 1699 r.
Kolejny kościół, również drewniany, wzniesiono w 1763 r. z fundacji Ludwiki z Bieganowskich Stanisławowej Wesselowej, starościny golubskiej. Konsekorwał go sufragan płocki Michał Maurycy Mdzewski w 1793 r. Remontowano go w 1923 r., zaś w 1928 r. na ściany nałożono malowidła. Kościół został strawiony pożarem 6 grudnia 1963. W pożarze stopiły się stare, okazałe dzwony; odsłonięto wówczas fragment gotyckiego muru między prezbiterium a zakrystią. W 1989 r. zostały zakupione stacje Drogi krzyżowej.
Obecna murowana, obszerna świątynia pw. Matki Boskiej Częstochowskiej została wzniesiona w latach 1963-1969 według projektu architekta Stanisława Marzyńskiego, staraniem ks. Henryka Piórkowskiego i parafian. Poświęcił ją 24 sierpnia 1969 r. biskup płocki Bogdan Marian Sikorski. W kolejnych latach kościół wyposażano i upiększano. Kościół ma wnętrze halowe, z szerokim prezbiterium i zapleczem kościelnym. Kościół konsekrował biskup płocki Stanisław Wojciech Wielgus 7 kwietnia 2002 r.
W ostatnich latach staraniem księży proboszczów: Wojciecha Wiśniewskiego i Andrzeja Romualda Chmielińskiego oraz parafian została wymieniona blacha na kościele (2011-2015), a także wstawiono nowe okna w kościele (2017 r.) i przeprowadzono remont plebanii.
Proboszcz