Od XII w. wieś Joniec była własnością biskupstwa płockiego. Według miejscowej tradycji poza wsią znajdowała się drewniana kaplica pod wezwaniem św. Małgorzaty, starsza od kościoła parafialnego, która przetrwała do XVII w. Parafia powstała prawdopodobnie w połowie XIV w., a pierwsza wzmianka o kościele pochodzi z 1381 r. Z wizytacji odbytej w 1598 r. wiadomo, że drewniany kościół parafialny pod wezwaniem św. Mikołaja był konsekrowany, a z prawej strony miał kaplicę fundowaną przez rodzinę Kobylińskich i Pawła Popielskiego, archidiakona pułtuskiego. Świątynia spłonęła w 1705 r.
Następny kościół wzniesiono w 1714 r. staraniem biskupa płockiego Ludwika Załuskiego. Patronem kościoła był wtedy św. Ludwik, a konsekracji dokonał w 1741 r. sufragan płocki Marcin Załuski.
Obecny kościół zbudowany był w 1784 r. z fundacji Michała Jerzego Poniatowskiego, biskupa płockiego. Konsekrował go w 1792 r. biskup sufragan płocki Michał Maurycy Mdzewski. Renowacje przeprowadzano w latach: 1862, 1887 oraz w 1899 r., kiedy to dobudowano zakrystię. Polichromię wykonał Władysław Drapiewski, a w 1971 r. odnowił ją Edward Pluciński. W tym też roku wnętrze świątyni było gruntownie remontowane. Kościół wyposażony jest w ołtarz główny z obrazem św. Ludwika i Matki Boskiej Częstochowskiej oraz dwa ołtarze boczne. W latach 1984-1997 kościół w Jońcu został odrestaurowany. W ostatnich latach wyremontowano plebanię, odnowiono także prospekt organowy w kościele.
Na cmentarzu przykościelnym jest klasycystyczna murowana dzwonnica z 1784 r. Spośród ważnych zabytków warto wymienić: kropielnicę barokowa (II połowa XVIII w.), obraz fundatora kościoła biskupa Michała Jerzego Poniatowskiego z 1784 r., kielich barokowy z 1750 r. fundacji Sutkowskiego, szczyt nastawy ołtarzowej z epoki baroku z XVIII w.
W latach 1990-1999 staraniem ks. Tadeusza Wołowca i parafian wybudowano kościół filialny w Lisewie według projektu inż. Janusza Królakowa z Ostrołęki; prace murarskie wykonał Leszek Antosik z Sochocina. Od września 1993 r. sprawowane są w nim Msze św.
Proboszcz