Parafia w Janowie powstała prawdopodobnie pod koniec XIV w. z fundacji księcia Janusza I. W 1421 r. Janowo otrzymało prawa miejskie, które utraciło w 1869 r. w odwecie za udział mieszkańców w powstaniu styczniowym.
Pierwsza wzmianka źródłowa o parafii pochodzi dopiero z 1462 r. Pierwotny kościół został wzniesiony pw. św. Jana Chrzciciela. W 1775 r. zbudowano kolejną świątynię pod tym samym wezwaniem oraz kaplicę św. Barbary. Kościół ten spłonął w 1826 r. Kolejną świątynię wzniesiono w 1840 r., przetrwała ona aż do I wojny światowej, gdy została zniszczona.
W 1916 r. ks. Karol Morozewicz rozpoczął budowę drewnianego kościoła i plebanii, jednak wiosną 1931 r. ks. Władysław Biały rozpoczął pracę przy zakładaniu fundamentów pod nowy, murowany kościół parafialny, na innym miejscu, w pobliżu cmentarza grzebalnego. Budowę ukończono w 1939 r. Stary, drewniany kościół, który stał nad rzeką Orzyc, odstąpiono nowo powstałej parafii Skierkowizna w dekanacie przasnyskim. Pracę przy wznoszeniu świątyni prowadzono systemem gospodarczym. Prezydent Rzeczypospolitej Ignacy Mościcki, będąc w Janowie 15 czerwca 1930 r., na cel budowy złożył 500 zł. W czasie II wojny światowej Niemcy zamienili kościół na magazyn zbożowy.
Po zakończeniu wojny ks. Czesław Szelągowski założył w kościele tynki, sprawił trzy ołtarze: ołtarz wielki w 1949 r. w warsztacie Tadeusza Świerczka z Warszawy, przedstawiający św. Rocha w otoczeniu aniołów i niewiasty błagającej o zdrowie; towarzyszą mu św. Franciszek z Asyżu i św. Wincenty a Paulo. Ołtarz Matki Bożej według projektu Henryka Gaczyńskiego, wykonany przez Piotra Dąbka z Brodnicy; obrazy wykonał Henryk Gaczyński, zaś centralną postać św. Stanisława Kostki i dwa górne obrazy – Maria Wolska-Berezowska; w ołtarzu figura gotycka z XV w., być może ze szkoły Wita Stwosza. Drugi ołtarz boczny Serca Jezusowego z 1958 r., zaprojektowany i wykonany przez Marię Gorełównę z Warszawy, wykonany z ceramiki, przedstawia figurę Serca Jezusowego, antepedium z czterema Ewangelistami. W 1958 r. stolarz Smoliński z Warszawy wykonał balustradę przed ołtarzem Matki Bożej, zaprojektowaną przez Henryka Gaczyńskiego. W 1953 r. wykonana została polichromia wnętrza (mal. Maria Wolska-Berezowska z Warszawy), przedstawiająca sześć scen z życia Maryi: Zwiastowanie, Boże Narodzenie, Ofiarowanie, Znalezienie Jezusa w świątyni, Cud w Kanie Galilejskiej, Droga Krzyżowa; ponadto scena Chrztu Chrystusa, osiem aniołów otaczających ołtarz, jeden nad wejściem głównym i dwa anioły w kaplicy maryjnej. Oprócz powyższych, staraniem ks. Czesława Czelągowskiego: wykonano witraż poświęcony NMP, zakupiono stacje Drogi Krzyżowej, przeprowadzono elektryfikację świątyni i plebanii. Ponadto zakupił 14-głosowe organy o trakturze pneumatycznej i dwóch manuałach, które wybudował w 1947 r. Stefan Truszczyński z Włocławka; remontowano je w 1995 r. 16 sierpnia 1953 r. biskup płocki Tadeusz Paweł Zakrzewski konsekrował odnowioną i wyposażoną świątynię w Janowie.
W 2000 r. staraniem ks. Antoniego Mamińskiego i parafian wykonano nową elewację (odmalowaną ponownie w 2011 r.) i wyremontowano dach, w 2001 r. zainstalowano elektroniczne dzwony, zaś w 2004 r. położono posadzkę marmurową w zakrystii i prezbiterium. W 2006 r. do ołtarzy dodano złocone rzeźby i nowe meble do zakrystii. W 2007 r. doposażono ławki, zaś w 2008 r. wykonano nową ambonę z drewna dębowego.
W czasie, gdy proboszczem był ks. Tomasz Opaliński, przy wydatnym wsparciu parafian gruntownie odnowiono wnętrze kościoła parafialnego, wyzłocono ołtarze.
Proboszcz
Emeryt