Parafia została erygowana pod koniec XIV w., bowiem pleban z Chrostkowa występował w dokumentach już przed 1400 r., a wiadomość o parafii wymieniana jest w 1409 r. Z wizytacji 1598 r. wiadomo, że był tu kościół mały, a w głównym ołtarzu znajdował się obraz Matki Bożej. Świątynia przetrwała prawdopodobnie do końca XVII w.
Akta wizytacyjne z 1694 r. wspominają, że właściciele wsi rozebrali stary kościół i postawili nowy, który służył parafii około stu lat. Wizytacja z 1789 r. informowała, że kościół wymagał dużego remontu. Wyposażony był w trzy ołtarze, z obrazem Matki Bożej Śnieżnej w głównym. Patronką parafii pod koniec XVIII w. była św. Barbara.
Po 1781 r. kolator Andrzej Zieliński przystąpił do remontu i rozbudowy kościoła. Dach został pokryty gontem, a do pierwotnej bryły świątyni dobudowano kaplicę oraz przedsionki przy głównym i bocznym wejściu. W 1814 r. wykonano sufit i chór. Kolejna rozbudowa kościoła miała miejsce pod koniec XIX w., za czasu proboszczowania ks. Anastazego Okręglickiego. W tym czasie powiększono zakrystię i skarbiec, z którego powstała loża dla kolatorów, rozbudowano przedsionek. Po tej rozbudowie kościół został oszalowany i pomalowany. Gruntownego remontu dokonano w 1890 r., dając kamienną podmurówkę. Organy około 1910 r. zbudował Dominik Biernacki z Dobrzynia nad Wisłą, miały trakturę mechaniczną. Obecnie to instrument 7-głosowy o trakturze pneumatycznej.
W czasie II wojny światowej po aresztowaniu przez Niemców 23 października 1939 r. ks. proboszcza Juliana Józefa Białego i ks. wikariusza Jana Adamca w parafii przebywał ks. W. Kalinowski przysłany przez biskupa Karola Marię Speltta, który objął opieką duszpasterską parafie: Chrostkowo, Rogowo i Żałe. Ks. Biały zmarł 23 czerwca 1941 r. w Rypinie na skutek przeżyć wojennych i więziennych. Ks. Adamiec przeżył obóz. Po wojnie dzieło odbudowy podjął ks. Bronisław Piusiński.
Następna rozbudowa kościoła rozpoczęła się w 1990 r. Wzmocniono wówczas fundamenty i ściany świątyni oraz dobudowano nawy boczne oraz kruchtę. Od 1993 r. Mikołaj Konczalski z Włocławka (pochodzący z Chrostkowa) wykonał istniejącą do dziś – i uzupełniającą wykonaną wcześniej przez Władysława Drapiewskiego – malaturę wnętrza. Dzwonnica i kostnica zbudowane równocześnie z kościołem, drewniane konstrukcji słupowej, oszalowane.
W ostatnich latach staraniem kolejnych proboszczów: ks. Janusza Filarskiego i ks. Marka Trymersa oraz parafian wykonano prace renowacyjne i restauracyjne: centralne ogrzewanie w kościele (2009 r.), wymiana poszycia dachu (2011 r.), konserwacji barokowego głównego ołtarza z figurą Matki Bożej (2013 r.) oraz ołtarzy bocznych pw. Przemienienia Pańskiego oraz św. Walentego, renowacja zabytkowych organów (2016 r.), konserwacja ołtarza bocznego pw. Miłosierdzia Bożego z wizerunkami bł. męczenników płockich abpa Antoniego Juliana Nowowiejskiego oraz bpa Leona Wetmańskiego w kaplicy św. Barbary, odnowiono zakrystię i wyposażono ją w nowe meble (2017 r.), odnowiono drewnianą podłogę i sprawiono nowe witraże w oknach (2018 r.), zakonserwowano kościół na zewnątrz i odremontowano dzwonnicę (2019 r.), postawiono pomnik św. Jana Pawła II (2020 r.).
Proboszcz