Bieżuń położony jest nad rzeką Wkrą, przy szosie z Sierpca do Żuromina. Wzmiankowany w końcu XIV w. jako własność rodziny herbu Prawdzic z Gulczewa, późniejszych Sieprskich. Przywilej na założenie miasta wydał w 1406 r. Ziemowit IV, książę mazowiecki, staraniem Jędrzeja z Gulczewa, kasztelana płockiego.
Parafia powstała na początku XV w., prawdopodobnie w 1406 r. erygował ją biskup płocki Jakub z Korzkwi (Kurdwanowa). W pierwotnym kościele znajdowały się ołtarze ku czci świętych: Małgorzaty, Anny, Mikołaja, Wojciecha i Doroty. Kolejny kościół drewniany z ok. 1551 r. spalił się przed 1598 r., po czym wzniesiono nowy kościół, rozebrany w 1766 r.
Już w 1764 r. zaczęto gromadzić cegłę do budowy nowej świątyni, którą wzniesiono w latach 1766-1768 z fundacji dziedzica dóbr bieżuńskich, kanclerza wielkiego koronnego Andrzeja Hieronima Zamoyskiego. XIX-wieczni wizytatorzy wskazywali na zły stan budowli. W latach 1887-1888 staraniem ks. Jana Szostakiewicza dokonano rozbudowy świątyni pod kierunkiem Zdzisława Librowskiego, według projektu architekta Ludwika Gosławskiego z Płocka; dobudowano wówczas prezbiterium, dwie boczne kaplice, ołtarze i zakrystie z obu stron prezbiterium, otynkowano wnętrze, odnowiono fasadę, sprawiono nowy dach i sygnaturkę. W 1893 r. wykonany nowy strop, wymurowano arkadę do prezbiterium i położone zostały nowe tynki zewnętrzne.
W czasie II wojny światowej świątynia została uszkodzona, a 2 grudnia 1940 r. przeprowadzono masowe wysiedlenia. Wikariusz parafii ks. Paweł Orłowski uczestniczył w spotkaniach konspiracyjnych. W 1943 r. kościół służył jako magazyn zbożowy i tymczasowy areszt. Po wojnie staraniem ks. Błażeja Pszczółkowskiego i parafian przystąpiono do renowacji świątyni. W 1946 r. polichromię według projektu Władysława Drapiewskiego wykonał Antoni Rochowicz. Neorokokowy ołtarz główny przed 1897 r. wykonał Kazimierz Matulewicz, z rzeźbami Jana Wojtasika. W polu głównym obraz Matki Bożej Różańcowej Malarza Marcina Kasiewicza z końca XIX w., w zwieńczeniu wizerunek Trójcy Przenajświętszej malarza Józefa Buchbindera z końca XIX w., pod zasuwą rzeźba Ukrzyżowanego z II połowy XVIII w. Z dawnych ołtarzy bocznych zachowały się dwa: Przemienienia Pańskiego i św. Stanisława Kostki, odnowione w 1898 r. W 1866 r. Stanisław Przybyłowicz z Warszawy wybudował ośmiogłosowe organy bez pedału, ufundowane przez J.W. Lasockiego i parafian z ks. proboszczem Józefem Smoleńskim. Pozostawiając prospekt, w 2006 r. zabytkowy instrumentem zastąpiono nowym, dwunastogłosowym, wykonanym przez Andrzeja Nagalskiego i Krzysztofa Grygowicza.
Kolejny remont przeprowadzony został w 1983 r. przez ks. Stefana Zaleskiego i parafian; wymieniono wówczas blachę na kościele na miedziano, położono posadzkę z marmuru kieleckiego (1986-1987 r.), pomalowano wnętrze (1990 r.), odnowiono ambonę (1993 r.) i ołtarz główny (2000 r.), wyremontowano dom parafialny (1996 r.). W ostatnich latach zostało wymienionych dziesięć okien, zamontowano dziesięć witraży, zamontowano oświetlenie zewnętrzne świątyni oraz przeprowadzony został generalny remont plebanii.
W 1776 r. A. Zamoyski ufundował nową drewnianą dzwonnicę w narożu cmentarza, która spłonęła 28 października 1988 r. W 1993 r. zbudowano nową, murowaną z cegły dzwonnicę, na której zawieszono dzwony.
Warto wspomnieć, że na terenie obecnej parafii Bieżuń, we wsi Karniszyn, została erygowana parafia, w której świątynię konsekrował w 1530 r. biskup płocki Andrzej Krzycki, wydzielając z parafii Chamsk wsie: Karniszyn i Grotki. Proboszczowie z Chamska zatrzymali dla siebie uposażenie, a na miejsce posyłali jedynie wikariuszy. Dopiero w 1609 r. ks. S. Działyński doprowadził do usamodzielnienia parafii Karniszyn. Pierwszy kościół pw. św. Stanisława BM ufundował zapewne J. Wieczwiński ok. 1528 r. W połowie XVII w. świątynia uległa zniszczeniu, dlatego wzniesiono nową. Ok. 1770 r. zrujnowany kościół rozebrano, a parafię Karniszyn włączono do parafii Bieżuń. W parafii pozostał późnorenesansowy kielich ofiarowany w 1618 r. prawdopodobnie przez Walentego Myslenskiego do kościoła w Karniszynie.
Proboszcz
Wikariusz
Emeryt