Wieś Siecień była gniazdem rodowym Siecieńskich herbu Rogala, z których Wojciech, profesor teologii, w 1491 r. został wybrany prowincjałem zakonu dominikanów w Polsce.
Parafię erygowano zapewne w II połowie XIV w., choć pierwsza wzmianka pochodzi z 1442 r. Pierwotnie należały do niej tylko dwie wsie: Siecień i Gorzechowo; Lasotki i Radotki przyłączono z parafii Rokicie) w 1632 r., Cierszewo natomiast dopiero w XVIII w.
W 1609 r. stary, drewniany, konsekrowany kościół pw. Zwiastowania NMP był już zrujnowany, ale z fundacji biskupa przemyskiego obrządku łacińskiego Stanisława Siecińskiego herbu Rogala, pochodzącego z Siecienia w ziemi dobrzyńskiej, rozpoczęto przygotowania do budowy nowego. Wizytator zanotował, że wzniesiono już część fundamentów. Prace zakończono w 1611 r. Wkrótce potem w 1619 r. fundator dokonał konsekracji świątyni pw. Narodzenia NMP. Takie wezwanie nosiła ona od XVIII do XIX w. Świątynia usytuowana jest na wzgórzu, orientowana, murowana z cegły, w stylu gotycko-renesansowym, wieża w układzie gotyckim, korpus kościoła w układzie blokowym. W 1905 r. malaturę wykonał artysta Szkrodzki z Gąbina.
W XVIII w. rozpoczął się kult obrazu Matki Bożej Siecieńskiej, przy którym już w 1725 r. znajdowały się wota (w 1739 r. było ich 20). Obraz jest malowany temperą na desce. Srebrzona sukienka z II połowy XVIII w. Do dzisiaj śpiewana jest pieśń o Matce Bożej Siecieńskiej w czasie odsłaniania i zasłaniania obrazu. Instrument organowy z ok. 1890 r. z firmy Apolinarego Dubulewicza z Rypina, o trakturze mechanicznej, pierwotnie posiadał 11 głosów. Zabytkowe wyposażenie kościoła stanowią: ołtarz główny Matki Bożej Siecieńskiej (XVII w.), dwa ołtarze boczne: św. Tekli ze współczesnym obrazem Jezusa Miłosiernego ze Świętą Trójcą w zwieńczeniu, w drugim zaś obraz św. Józefa (sygnowany: Wojciech Gerson, 1892 r.) i św. Anny Samotrzeć w zwieńczeniu. Ambona z II połowy XVII w., drewniana chrzcielnica rokokowa w formie wazy (XVIII w.); kropielnica granitowa w kruchcie pod wieżą. W kościele nagrobki rodziny Gembartów i portret fundatora kościoła, biskupa Stanisława Siecieńskiego. We wsi znajdują się pozostałości parku krajobrazowego z początku XX w. według projektu Waleriana Kronenberga. Przed kościołem figura Matki Bożej z 2000 r.
7 marca 1941 r. Niemcy aresztowali ks. Adama Arendzikowskiego, proboszcza parafii od 1937 r., który zginął w niemieckim obozie koncentrtacyjnym KL Soldau w Działdowie. Kościół został zamknięty, ale nie uległ zniszczeniu.
Po wojnie dokonano bieżących napraw, a w 1973 r. pokryto dach świątyni miedziowaną blachą. W 1955 r. świątynia została odmalowana przez A. Rochowicza z Gdańska. Po roku 2000, staraniem ks. Jana Kurantowicza i parafian wykonano nowe, granitowe schody wejściowe oraz chodnik procesyjny wokół siecieńskiej świątyni; wewnątrz niej założono nową instalację elektryczną i nagłośnieniową, a do zakrystii wstawiono nowe meble. Na chórze umieszczono nowe, elektroniczne organy firmy Content. Dokonano poważnego remontu frontowej części ogrodzenia kościoła, a budynki parafialne otoczono nowym płotem. Zakupiono też nowy dzwon poświęcony Matce Bożej.
Proboszcz